杏仁核附着在海马的末端，呈杏仁状，是边缘系统的一部分。在情绪，特别是恐惧中，具有重要作用。
杏仁核位于颞叶前部、侧脑室下角尖端上方，又称杏仁核复合体，一般分为两大核群，即皮质内侧核和基底外侧核及前可仁区和皮质杏仁区。人类脑杏仁核的纤维联系至今尚未十分清楚。杏仁核的传入纤维来自嗅球及前嗅核，经外侧嗅纹终止于皮质内侧核；来自梨状区及间脑的纤维终止于基底外侧核。杏仁核参与了中脑边缘DA奖赏回路并接受下丘脑、丘脑、脑干网状结构和新皮质的纤维。杏仁核的传出纤维通过终纹隔区、内侧视前核、丘脑下部前区和视前区，越过前连合后，部分纤维经髓纹终止于缰核，而另一部分不进入髓纹而直接终止于丘脑下部、丘脑背内侧核、梨状区和中脑被盖网状结构。另外，杏仁核与前额区皮质、扣带回、颞叶前部、岛叶腹侧之间有往返纤维联系。杏仁核的功能仍不十分清楚，大量动物试验和临床实践证明，杏仁核与情感、行为、内脏活动及自主神经功能等有关。电刺激杏仁核，病人可表现恐惧、记忆障碍等精神异常，呼吸节律、频率和幅度改变，以及血压、脉搏、瞳孔和唾液分泌变化。
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| | 主要沟和裂 | 大脑纵裂 外侧沟 中央沟 顶枕裂 距状裂 扣带沟 胼胝沟 旁侧裂 |
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| | 额叶 | 前额沟 ( 初级运动皮层 BA4) 前中央回 额上沟/ 额叶眼动区/ 前运动区/ 运动辅助区 ( BA6 BA8 BA9) 额中沟 ( BA46) I额下沟 ( BA44-岛盖部 BA45-三角部) 眶额叶皮层 ( BA10 BA11 BA12 BA47) |
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| | 顶叶 | 体感皮层 ( 初级体感皮层 (1 2 3 BA43) 次级体感皮层 ( BA5)) 楔前叶 ( BA7) 顶叶小叶 ( 顶上小叶 ( BA7) 顶下小叶 ( BA40)) 角回 ( BA39) 顶内沟 边缘沟 |
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| | 枕叶 | |
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| | 颞叶 | 初级听觉皮层 ( BA41 BA42) 颞上回 ( BA38 BA22) 颞中回 ( BA21) 颞下回 ( BA20) 梭状回 ( BA37) 颞叶中央区 ( 杏仁核 海马体 海马旁回 ( BA27 BA28 BA34 BA35 BA36) |
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| | 扣带皮层/扣带回 | 膝下区 (BA25) 前扣带皮层 (BA24 BA32 BA33) 后侧扣带 (BA23 BA31) 压后皮层 (BA26 BA29 BA34) 胼胝体上回 |
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| | 白质带 | |
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| | 基底核 | |
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| | 其它 | |
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| 注意：以上某些只是近似分类；一些 Brodmann分区地跨多个脑回。BA#为Brodmann#区的缩写。 |
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